多项研究显示，大多数感染人类的冠状病毒来自动物，尤其是2002年引起非典流行的病毒。蝙蝠被认为是最有可能的 "罪魁祸首 "，因为他们身体携带一种基因与SARS-CoV-2相似的病毒。然而，蝙蝠冠状病毒和人类冠状病毒之间的遗传距离表明，病毒是通过 "中间宿主 "-例如穿山甲、水貂或果子狸- 感染人类的。针对新冠病毒，由于科学调查屡屡受阻、冲突不断，要了解21世纪最严重大流行病背后的病毒真相，可能会是一项几乎不可能完成的任务。在瑞士工作的病毒学家的共识是，病毒是从动物传播到人类的，但有些人说，应该更严肃地对待武汉实验室泄漏的理论。
据瑞士资讯报道称，我们有朝一日会知道新冠病毒起源真相吗？在《自然》杂志最近发表的社论中，受世界卫生组织(WHO)委托调查疫情暴发的科学家提出警告，称调查此事的窗口正在关上。
任日内瓦大学医院新兴病毒性疾病研究中心(Centre for Emerging Viral Diseases)总监的病毒学家伊莎贝拉·埃凯尔勒(Isabella Eckerle)指出：“此刻来看，找到罪魁祸首似乎比查明真相更为重要。”
另一位知名瑞士病毒学家，洛桑联邦理工学院(EPFL)的迪迪埃·特罗诺(Didier Trono)也认为，这个问题已经偏离科学，成为政治问题。尽管了解病毒起源真相对预防和管理未来的大流行病非常重要，但特罗诺对此感到悲观。他表示：“由于科学困境和政治影响，我们必须做好准备，接受没有最终答案的结果，不过在目前阶段，从动物传播到人类的可能性仍然很高。”
探查2019冠状病毒病的起源一直充斥着复杂性和争议性。正如世卫组织总干事谭德塞(Tedros Adhanom Ghebreyesus)在罕见的一次针对中国的公开批评中所断言的那样，中国从未摆出完全合作和透明的姿态，迄今为止总是拒绝公开完整的数据和样本。世卫组织曾在今年1、2月间派出由独立研究人员组成的团队到武汉做深入调查，但他说，缺乏透明度阻碍了世卫组织的工作。根据世卫组织对这次使命的描述，这个团队先经过了14天的隔离期，期间只能通过视频聊天与中国专家讨论。结果只剩下两周时间进行实地调查，且出于保持距离和健康监测的需要，这些调查都已是事先计划好的。
尽管与中国政府进行的是艰难的合作，世卫组织在关于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)起源的全球研究中，最终否定了实验室事故的假设。这个全球卫生机构基于不完整数据，认为实验室事故“极其不可能”。
谭德塞后来承认实验室泄露假设被过早排除，而带领世卫中国调查之行的丹麦科学家彼得·本·恩巴雷克(Peter Ben Embarek)最近也承认，中方官员曾对他的团队施加压力，要他们摒弃这一理论。
鉴于此类披露及该研究的不完整数据，包括美国、英国、加拿大和澳大利亚在内的一些世卫成员国强烈批评该组织的疏忽，以及中国缺乏合作和隐瞒数据的行径。这一批评也得到科学界的响应：今年5月，巴塞尔大学教授与病毒进化专家理查·内尔(Richard Neher)等来自世界各地的17名研究人员在《科学》杂志上发表了一封公开信，呼吁以更加客观和透明的方式继续展开调查。
据该报道称，签署这封信的科研人员认为，尽管这两种理论[病原溢出和实验室事故]都没有明确结果的支持，但“两种理论未能得到平衡的考量”。内尔告诉瑞士资讯：“我们在拥有足够数据之前，必须认真对待这两种假设”。
世卫组织的全球研究确定了该病毒从假定原本宿主(菊头蝠)传播到人类的四种可能途径：直接的人畜共通传播(从蝙蝠直接传给人类，被认为有可能)；通过中间宿主传入(从蝙蝠传给另一种动物，再传给人类，被认为非常可能)；冷食链(被认为有可能)；或实验室事故(被认为极其不可能)。
中间宿主假说被认为非常可能，是因为尽管有一种已知蝙蝠的冠状病毒在基因上与SARS-CoV-2接近，但这两种病毒在时间上相隔了数十年。世卫组织报告表示，这暗示有一个“缺失的环节”，即属于另一物种的动物充当了人类与蝙蝠之间的“桥梁”。穿山甲、水貂或果子狸等动物已被认定为可能的宿主，因为它们易感染冠状病毒，但中间宿主究竟是什么还未被明确确定。
据埃凯尔勒认为，“可能永远都无法确定，”她补充说，病毒溯源不但挑战重重，还花费时间。“研究可能要耗费多年，就像严重急性呼吸道综合征冠状病毒(SARS-CoV-1，即SARS冠状病毒)的情况一样，而宿主动物可能已经绝迹。”
该报道称，在2002-2004年的非典暴发案例中，研究人员花了大约4个月时间才确定果子狸是中间宿主，但花了十年多时间才在一个偏远的山洞里，找到一群寄生有该病毒所有基因构成要素的菊头蝠种群。鉴于调查的复杂性，世卫组织报告中没有对SARS-CoV-2的来源提供更多结论性的发现结果，埃凯尔勒说对此并不感到惊讶。
