中国与印度尼西亚在纳土纳群岛东北部海域的争端仍在持续。来自印尼方面的消息，1月11日，该国海军3艘军舰在事发海域发现有6艘中国海警舰、1艘中国海监船和49艘渔船。
印尼方面还公布现场中国公务船执勤的高清照，根据画面，现场至少出现中国海警5202舰、4301舰、5403舰，以及大批中国渔船。其中5202舰还装有PJ26型单管76毫米隐身舰炮，该炮最大射速每分钟120发，在面对印尼战舰时并不处于下风。
1月8日，印尼总统佐科（Joko Widodo）亲赴纳土纳群岛附近海域巡视。1月6日，他强硬地表示，对主权问题与中国没有讨价还价的余地，“外国在没有我国政府的同意下，不能踏上我国领土，一分一毫都不行。”
佐科还表示，印尼不对南海提出主权要求，但不能容忍中国侵犯其在南海附近水域的主权。印尼对纳土纳岛海域享有“无可谈判的”主权。
对于佐科的言论，中国外交部发言人耿爽1月8日表示，中国与印尼不存在领土主权争议，双方在南海部分海域存在海洋权益主张重叠。
耿爽强调，中国希望印尼方面保持冷静，愿同印尼方面继续妥善处理分歧，维护好两国关系和地区和平稳定大局。事实上，两国一直通过外交渠道就此保持着沟通。
不过，就在1月10日，佐科在总统府会见来访的日本外相茂木敏充时表示，希望日本能够加大对纳土纳群岛渔业、旅游业和能源业的投资，加强两国海岸警卫队的合作。
茂木敏充则强调，“日本对南海局势保持警惕，反对强行单方面改变现状”。
纳土纳群岛位于马来半岛和婆罗洲岛之间的中国南海，由272个岛屿组成，总面积2,110平方公里，人口约9万。2015年11月12日中国外交部的例行记者会明确表明纳土纳群岛主权属于印尼。
自2019年12月底以来，中国和印尼在纳土纳群岛东北部海域（九段线内）就护渔问题发生争端。此后数日，中国派遣多艘海警舰和海监船护航本国渔船，印尼亦派出公务船。
1月6日，印尼称，事发地出现过中国海警舰5101舰、5302舰、4301舰、5403舰，以及海监2169船，但目前未出现中国军舰身影。
彼时，印尼则派出2,400吨级的海警船“丹戎拿督”号，以及海军“提普塔迪”号、“特库·奥马尔”号护卫舰。1月5日，印尼海军中将指将增派4艘军舰赴事发海域。
由于现实和历史因素，印尼国内炒作此事引发北京的紧张。1月5日，中国外交部发布通知提醒在印尼的本国公民注意安全。
