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第三节 创办研究所
蔡元培还从大学应是研究高深学问，大学生当以研究学术为天职的观点出发，十分重视研究和提高的工作，大力主张“凡大学必有各种科学的研究所。”后来，他在1930年4月致北大评议会函中，又着重阐明了北大应致力于提高的观点，主张在当时普通中学已能满足北大学生来源的情况下，停办预科，将经费移用于研究所，他说：“为北大发展计，与其求诸量，无宁求诸质，与其普及，无宁提高。”他在论及举办大学研究院的必要性时，曾列举其对教员、毕业生以及在校高级生的三大好处：一，“是大学无研究院，则教员易陷于抄发讲义不求进步之陋习。盖科学的研究，搜集材料，设备仪器，购置参考图书，或非私人之力所能胜；若大学无此设备，则除一二杰出教员之外，其普通者，将专己守残，不复为进一步之探求，或在各校兼课，至每星期任三十余时之教课者亦有之，为学生模范之教员尚且如此，则学风可知矣。”二是，“自立研究院，则凡毕业生之有志深造者，或留母校，或转他校，均可为初步之专攻。俟成绩卓著，而偶有一种问题，非至某国之某某大学研究院参证者，为一度短期之留学；其成效易睹，经费较省，而且以四千年文化自命之古国，亦稍减倚赖之耻也。”三是，“惟大学既设研究院以后，高年级生之富于学问兴趣而并不以学位有无为意者可采德制精神，由研究所导师以严格的试验，定允许其入所与否，此亦奖进学者之一法。”这些主张有利于提高学校的学术水平，且为师生的学术研究创造良好的环境和条件。在这里，蔡元培既提倡学习外国同时又立足于发展本国的学术机构，这种精神是很可贵的。
早在京师大学堂时，学制上就规定有大学院一级，那时称“大学院为学问极则之研究，不主讲授，不主课程”。后又把大学院改名为通儒院，限以五年。民国初年，蔡元培主持制定的《大学令》中，仍改通儒院为大学院，不立年限；同时颁布了《大学研究院暂行组织规程》，确定大学研究院“其任务为高深学术之研究”，决定在大学设立“研究院招收大学本科毕业生”或“大学高年级生”。但这些规定在当时并没有能实现。
蔡元培主持北大后，仍积极贯彻他的主张。他后来特别指出：“我那时候有一个理想，以为文、理两科，是农、工、医、药、法、商等应用科学的基础，而这些应用科学的研究时期，仍然要归到文理两科来。所以文理两科，必须设各种的研究所；而此两科的教员与毕业生必有若干人是终身在研究所工作，兼任教员，而不愿往别种机关去的。”他在教育部召开的国立高等学校校务讨论会上，提出的关于大学改制的议案中，曾建议“大学均分为三级：（一）预科一年，（二）本科三年，（三）研究科二年，凡六年。”后经会议讨论议决，确定大学分为二级：预科二年，本科四年，凡六年。但北大仍按原定的在本科之上设立了各科研究所。
1917年底，文、理、法三科各学门先后分别成立了研究所，由校长于各所教员中谁一人为主任。当时设立的研究所及其负责人。
1919年12月，因地质学系已有三年级学生，又决定增设地质学研究所，由何杰任主任。
当时研究所的规则规定，凡本校毕业生都可以志愿入所研究；本校高年级学生，取得研究主任认可后可以入所研究；与本校毕业生有同等程度的学者，志愿入所研究者，经校长认可后得入研究所。同时规定凡具备上述条件而不能到所研究者，经过校长或研究主任的特许，可为通信研究员。这时研究所没有年限规定，凡符合规定的学生，可根据自己的需要选定研究科目，志愿入所在教师指导下从事研究。当时还没有建立学位制度。
蔡元培十分注意启迪学生自动研究的精神，主张应尽量使更多的教员、毕业生和高级生有进研究所独立研究的机会。“故其所设研究所之门类，愈多愈善，凡大学各院中主要科目，以能完全成立为最善，庶不至使一部分之教员与学生失望。”北大这时建立的研究所，基本是按照文、理、法三科的各个学门建立起来的。虽然它的设备很不完善，离正规化的要求还有距离，但它是当时国内高等学校最早成立的一个研究所，具有首创的意义。
到1918年初，各研究所共有研究员148人（其中毕业生80人，高级生68人），另有通信研究员32人。其中理科研究员仅18人，文科较多，71人。如范文澜、冯友兰、叶圣陶、俞平伯等都是这一时期的研究员。
这时各科研究所主要开展以下几方面工作：第一、由各门教员分别确定研究科目，指导教员负责主讲。研究科目以本门教员为主，别门教员也可根据自己意愿提出研究科目，如国文门教员林损曾在哲学门开设了唯心论研究题目。研究所只设少量专任教员（当时只有王宠惠、张武、张耀曾等五个专任教员），其他由本科和预科教授兼任。蔡元培为研究所筹得的每月四千五百元经费，则全部用作购置图书和仪器设备。第二、各门研究所定期举行报告会。每次报告会由研究员中的一人，报告研究心得和疑难问题，然后由有关教员和研究员讨论，提出意见。研究报告记录经指导教员签定后，录一副本，于每学期末送图书馆保存。第三、举行定期或不定期的讲演会，邀请校内外专家作学术讲演。如1917年12月3日，哲学门研究所第一次月会上，由蔡元培作了题为《哲学与科学之关系》的讲演。第四、指导研究员对其研究的科目写出论文，论文写出后须经指导教员审査认可。第五、通信研究员随时可与本门教员通信讨论，其自行研究的结果，应写出论文一篇，并须经本门教员若干人审定认可。
1921年12月，蔡元培又决定改组研究所。经学校评议会第三次会议讨论，通过了《国立北京大学研究所组织大纲》。按组织大纲规定，研究所分设自然科学、社会科学、国学和外国文学四门；所长由大学校长兼任，各门设主任一人。由校长于本校教授中指任之，任期两年，经理本门事务。各门研究的问题与方法，由相关各系的教授共同商定。由于学校的经费和人力条件的限制，到1922年，只开办了一个国学门。
研究所国学门正式成立于1922年1月。国学门的研究对象，包括中国的文学、史学、哲学、语言学、考古学等方面。国学门内设编辑室（分辑、编、译三部分）、考古研究室、歌谣研究会，风俗调查会、明清史料整理会，方言调查会等机构，并在图书馆内开设供研究用的特别阅览室。设研究所国学门委员会，委员长由蔡元培兼任，委员有顾孟余、沈兼士、胡适、马裕藻、钱玄同、李大钊、朱希祖、周作人等。沈兼士任国学门主任。受聘为国学门导师的有：王国维、陈垣、钢和泰、伊凤阁、陈寅恪、柯劭态等；萝叔蕴受聘为考古学通信导师。
改组后的研究所（实际只有国学门）比原来的较为正规化，但基本上仍反映了资产阶级高等教育的自由主义特色。研究题目、研究方向和范围完全由教授自由选定；有的研究课题，由教授随时提出，在日刊上公布，有兴趣的学生可自由报名，经导师同意即可入所研究。原来评议会通过的研究所组织大纲规定研究生以本校毕业生及未毕业生之有特别研究成绩者为限，在国学门委员会讨论时，沈兼士提出不应限于大学一校之毕业生，蔡元培也认为：实在程度相当者，亦不能拒绝，应有规则限制。可照本校未毕业生办法，限于曾作研究，已有成绩者。后同意胡适的，提议，研究生对象包括“校外学者”。这样，北大研究所成为面向校内外的研究机构。我们从下述国学门研究规则中，可以看到当时研究生的培养制度：
1.凡本校毕业生有专门研究之志愿及能力者，未毕业之学生及校外学者曾作特别研究已有成绩者，皆可随时到本学门登录室报名，填写研究项目，有著作者并送交著作，一并由本学门委员会审查；其审查结果合格者，得领研究证到所研究。
2.凡本校毕业生及校外学者不能到校而有研究之志愿者，得通信研究；其报名及审査手续均照上条办理。
3.研究生须将关于研究之经过及其成绩随时报告，以便在本学门所办之杂志发表，或刊入丛书。
4.研究生遇必要时，可要求本学门主任与有关系之各学系教授会代请本校教员及国内外专门学者指导研究。
5.本校教员可以自由进所研究。
6.本校教员可以提出问题，召集研究生入所指导，或共同研究。
7.本学门随时聘请国内外学者为专门讲演；其公开与否，临时定之。
这时研究所的各项制度也比过去完善。为鼓励研究工作的进行，建立了奖学金制度，研究所设奖学金若干名，奖学金的授与，由研究所委员会根据本年度研究生的成绩，以占委员四分之三以上的表决通过，拟定应得奖学金的研究生名单，并附著作，函请所长决定。奖学金不分学科，但为特别提倡某种学科起见，可由研究所委员会指定一部分金额，为某种学科的奖学金。此外还为贫苦学生设立了六个助学金名额。研究生研究论文的评定分甚优、优良、合格三等，不合格者不给证书。
研究所国学门成立后就开始招收研究生，如郑天挺、容庚、冯淑兰（女）、罗庸、商承祚、张煦、魏建功等，都是这一时期的研究生。研究的课题，由导师随时提出，在日刊上公布，有兴趣的学生可自由报名，经导师同意入所研究。这一时期导师提出的研究题目，诸如伊凤阁的“西夏国文学与西夏国文化”，陈寅恪的“长庆唐蕃会盟碑藏文之研究”、“鸠摩罗什之研究”、“中国古代天文星历诸问题之研究”以及搜集满洲文学史材料等。林玉堂曾在1924年下学期开设《中国比较发音学》研究班，招收二十人，每周研究二小时，目的为考定中国重要方言中所有的音声。同时，他还在国学门主办《标音原则》班，讲解用国际音标注国语及方言的方法，具普及的性质。
除了指导研究生从事研究外，这一时期研究所国学门主要进行了如下几方面的工作：
出版定期刊物。开始时出版《歌谣周刊》，后改为《研究所国学门周刊》，不久改为月刊。蔡元培很重视创办学术刊物的工作，以为研究者提供发表论著的园地。他曾提议以研究所四学门为基本，每一学门出一种杂志，经国学门委员会议决，由研究所四学门分任编辑，每年每学门共分配负责三期；外国文学、自然科学和社会科学三门未成立以前，由各相关学系分组担任。《国学门季刊》由胡适任主任编辑。这个刊物发表了一些关于中国的文学、史学、哲学、语言学以及考古学等方面的研究成果，取得一定的成绩。
整理、摘采明清档案史料。明末及清代内阁一部分档案，原堆积在午门城楼无人整理。1922年夏，经学校交涉拨归北大整理。蔡元培很重视这项工作，经他提议，由国学门和史学系组织明清史料整理会负责。这批档案是以题本和报销册为大宗，其间有不少珍贵史料；经过分朝代、摘由、内容整理等步骤，为专门学者提供分类研究材料。该会出版了《要件陈列室目录》，整理的“明季关于关东边事及流寇之题稿”千余件摘录也在《北大日刊》上陆续公布，整理的还有《明季兵科题行稿摘要汇编》、《清九朝京省报销册目录》等，但未刊行。
进行考古调查和纂著考古方面书籍。研究所国学门成立时曾设立考古研究室及陈列室，后又组织古迹古物调查会。1923年5月24日，北大考古学会成立，马衡为会长，先后进行过多次考古调查和发掘工作，如河南新郑孟津两县出土的周代铜器，北京官山明代古迹，洛阳北邙山出土文物，甘肃敦煌古迹调查等。纂著考古方面的书籍，已印行的有《封泥存真》，成稿待印的有《甲骨刻辞》、《古明器图录》、《金石书目》、《缀遗斋彝器款识考释》、《艺风堂所藏金石文字增订目》、《大同云冈石刻》、《兴化寺壁画考》、《甘肃调査古物古迹之各种摄影》等。1922年3月和9月，国学门委员会还抗议已逊位的清室企图出卖《四库全书》和古物，并发表公开消息，阻止盗卖活动。国学门还多次向国内呼吁和宣传保护古物，对保护祖国文化遗产起过一定作用。
歌谣的征集和刊印。蔡元培十分重视民间文学的采集、整理和研究工作，早在1918年2月1日，他就以自己名义在北大日刊上刊登《校长启事》，征集全国歌谣，启事说：“本校现拟征集全国近世歌谣，除将简章登载日刊，敬请诸君帮同搜集材料外，所有内地各处报馆、学会及杂志社等，亦祈各就所知，将其名目、地址函交文科刘复君，以便邮寄简章，请其登载。”同时还刊登了征集简章，征集的歌谣包括：一、有关一地方、一社会，或一时代之人情、风俗、政教沿革者；二、寓意深远，有类格言者；三、征夫、野老、游女、怨妇之辞，不涉淫亵，而自然成趣者；四、童遥、谶语，似解非解，而有天然之神韵者。它特别强调记录要忠实存真的原则，“歌词文俗一仍其真，不可加以润饰，俗语亦不可改为官话。”“有其音无其字者当在其原处地位画一空格，而以罗马字或音标注其音，并详注字义以便考证”；“歌谣通行于某社会、时代当注明之”；“歌谣中有关历史地理或地方风物之辞句当注明其所以”“歌谣之有音乐者当附注乐谱”。简章说明歌谣征集由“沈尹默”主任一切并编辑“选粹”，刘复担任来稿之初次审订并编辑“汇编”，钱玄同、沈兼士考订“方言”。同年北大成立了歌谣征集处。1920年10月10日，歌谣研究会成立，1922年研究所成立后归并入国学门。于是，作为民间文学的歌谣，正式成为北大研究所的一个重要研究项目，这是蔡元培的一项富有创见的开拓性工作，对新文化运动是一个有力的推动。当时应征的人很踊跃。先是在北大日刊上每日刊载一首歌谣，1922年12月17日创办了《歌谣周刊》，作为北大日刊的附张，其中有采集，也有研究讨论；到1926年收集了一万三千九百多首歌谣，经整理、研究汇集成书的有：题为《吴歌集》、《北京歌谣》、《河北歌谣》、《山歌一千首》、《南阳歌谣》、《昆明歌谣》等歌谣丛书八种；题为《看见她》、《北京歇后语》等歌谣小丛书四种，以及《孟姜女故事歌曲甲集》、《孟姜女故事研究集》等故事丛书两种。顾颉刚等人参加了歌谣的编辑工作。这件具有开风气意义的工作，推动了采集、整理和研究民谣、民歌和民间故事的工作，这对于保存和发扬民间文学，确立民间文学应有的地位，都起了重要的作用。
方言调查。因整理歌谣引起方言研究的必要，1924_年1月26日方言调查会成立，林玉堂为主席。曾经试用方音字母草案音标调查过十五种方音，并准备进行广泛的方音调查，以编制“中国方音地图”。此外还在《歌谣周刊》出过一期方言研究专号。1925年刘复主持国文系与国学门合设的语音乐律实验室，对语音乐律进行过一些科学实验工作，并用实验语音学方法对汉语四声进行了一些科学研究，曾发表过《四声实验录》。
风俗调查。1923年5月24日成立了风俗调查会，调查各地的风俗习惯，如征集过各地关于旧历新年的风俗物品，并曾计划筹办风俗陈列馆。
举办月讲。规定每月5日为专门学术讲演会，定名为研究所国学门月讲，以刘复为月讲干事。
此外，国学门还纂辑了一些学术研究参考的工具书，已印行的有《慧琳一切经音义引用书目录》，已成稿的有《艺文类聚引用书籍目录》、《太平御览引用书籍增订目录》、《太平御览引用书细目》、《太平广记引用书籍增订目录》、《希麟续一切经音义引用书细目》等。同时还编辑了一些引用书目、分类书目、学术年表以及诸子所用哲学名词索引等。
应当说，“国学”是一个涵义不明确、十分笼统的概念，它研究的对象几乎涉及文、史、哲、语言、考古等各方面。但国学门的研究工作当时取得了一定的成绩，为旧中国的学术界培养了一批研究国学的人材。1926年10月，蔡元培在《十五年来我国大学教育之进步》一文中，回顾了国学门所取得的成绩，他说：“五年以来，其中编辑室、考古学研究室，明清史料整理会、风俗调查会、歌谣研究室、方言调查会等，已著有不少的成绩。所著录研究生三十二人，也已有十二人贡献心得的著作。”研究生中，如商承祚的《殷墟甲骨文字汇编》、容庚的《金文编》、罗庸的《尹文子校释》、张煦的《公孙龙子注》等著作，都是他们研究的成果。导师陈垣编著的《中西国历对照二十四史朔闰表》也在这时出版，为研究二十四史提供了重要工具书。当然，这些学术研究活动，由于受到当时条件的限制，还不够广泛和深入，研究的成果主要是整理和收集资料方面，而且也不够系统和完整。
当时北大除研究所外，还设有国史编纂处，是一个属于研究和编纂性质的机构。还在袁世凯当政时，聘湖南名士王阍运主持成立了一个国史馆。王死后，机构徒有虚名。蔡元培长校后，援各国大学的成例，经北京政府准许，将国史馆改隶北京大学，改称国史编辑处，蔡元培兼任处长。移交时，除一块木牌、几包卷宗外，有关国史材料一篇也没有。蔡元培亲自筹划，拟订编纂略例，将该处分征辑及编纂两股，聘请叶瀚、屠寄、张相文、刘师培等史学系教授分任各股负责人。当时还拟订了颇具规模的编纂计划，分通史、民国史两部。通史部分为政治史长编（包括年表、大事记及志三类）、文明史即专史（分为经济、风俗、宗教、科学、哲学、文学、美术等类），同时还要编一部包括人名、地名、职官、器物、方言等类的词典。民国史则编纂前五年的长编。蔡元培主张编史从长编入手，然后由专门史学家编为通史。编纂工作从二十四史等原始史料做起，每月提出工作报告，由蔡元培亲加校阅，取得一些成绩。屠寄的专著《蒙兀儿史》也是在这时完成的。但到1919年五四运动发生，蔡元培离京出走，徐树铮乘机向国务院提出取消北大国史编纂处，收回直属国务院，仍称国史馆，致使这项工作被迫中断。
早在京师大学堂时，学制上就规定有大学院一级，那时称“大学院为学问极则之研究，不主讲授，不主课程”。后又把大学院改名为通儒院，限以五年。民国初年，蔡元培主持制定的《大学令》中，仍改通儒院为大学院，不立年限；同时颁布了《大学研究院暂行组织规程》，确定大学研究院“其任务为高深学术之研究”，决定在大学设立“研究院招收大学本科毕业生”或“大学高年级生”。但这些规定在当时并没有能实现。
蔡元培主持北大后，仍积极贯彻他的主张。他后来特别指出：“我那时候有一个理想，以为文、理两科，是农、工、医、药、法、商等应用科学的基础，而这些应用科学的研究时期，仍然要归到文理两科来。所以文理两科，必须设各种的研究所；而此两科的教员与毕业生必有若干人是终身在研究所工作，兼任教员，而不愿往别种机关去的。”他在教育部召开的国立高等学校校务讨论会上，提出的关于大学改制的议案中，曾建议“大学均分为三级：（一）预科一年，（二）本科三年，（三）研究科二年，凡六年。”后经会议讨论议决，确定大学分为二级：预科二年，本科四年，凡六年。但北大仍按原定的在本科之上设立了各科研究所。
1917年底，文、理、法三科各学门先后分别成立了研究所，由校长于各所教员中谁一人为主任。当时设立的研究所及其负责人。
1919年12月，因地质学系已有三年级学生，又决定增设地质学研究所，由何杰任主任。
当时研究所的规则规定，凡本校毕业生都可以志愿入所研究；本校高年级学生，取得研究主任认可后可以入所研究；与本校毕业生有同等程度的学者，志愿入所研究者，经校长认可后得入研究所。同时规定凡具备上述条件而不能到所研究者，经过校长或研究主任的特许，可为通信研究员。这时研究所没有年限规定，凡符合规定的学生，可根据自己的需要选定研究科目，志愿入所在教师指导下从事研究。当时还没有建立学位制度。
蔡元培十分注意启迪学生自动研究的精神，主张应尽量使更多的教员、毕业生和高级生有进研究所独立研究的机会。“故其所设研究所之门类，愈多愈善，凡大学各院中主要科目，以能完全成立为最善，庶不至使一部分之教员与学生失望。”北大这时建立的研究所，基本是按照文、理、法三科的各个学门建立起来的。虽然它的设备很不完善，离正规化的要求还有距离，但它是当时国内高等学校最早成立的一个研究所，具有首创的意义。
到1918年初，各研究所共有研究员148人（其中毕业生80人，高级生68人），另有通信研究员32人。其中理科研究员仅18人，文科较多，71人。如范文澜、冯友兰、叶圣陶、俞平伯等都是这一时期的研究员。
这时各科研究所主要开展以下几方面工作：第一、由各门教员分别确定研究科目，指导教员负责主讲。研究科目以本门教员为主，别门教员也可根据自己意愿提出研究科目，如国文门教员林损曾在哲学门开设了唯心论研究题目。研究所只设少量专任教员（当时只有王宠惠、张武、张耀曾等五个专任教员），其他由本科和预科教授兼任。蔡元培为研究所筹得的每月四千五百元经费，则全部用作购置图书和仪器设备。第二、各门研究所定期举行报告会。每次报告会由研究员中的一人，报告研究心得和疑难问题，然后由有关教员和研究员讨论，提出意见。研究报告记录经指导教员签定后，录一副本，于每学期末送图书馆保存。第三、举行定期或不定期的讲演会，邀请校内外专家作学术讲演。如1917年12月3日，哲学门研究所第一次月会上，由蔡元培作了题为《哲学与科学之关系》的讲演。第四、指导研究员对其研究的科目写出论文，论文写出后须经指导教员审査认可。第五、通信研究员随时可与本门教员通信讨论，其自行研究的结果，应写出论文一篇，并须经本门教员若干人审定认可。
1921年12月，蔡元培又决定改组研究所。经学校评议会第三次会议讨论，通过了《国立北京大学研究所组织大纲》。按组织大纲规定，研究所分设自然科学、社会科学、国学和外国文学四门；所长由大学校长兼任，各门设主任一人。由校长于本校教授中指任之，任期两年，经理本门事务。各门研究的问题与方法，由相关各系的教授共同商定。由于学校的经费和人力条件的限制，到1922年，只开办了一个国学门。
研究所国学门正式成立于1922年1月。国学门的研究对象，包括中国的文学、史学、哲学、语言学、考古学等方面。国学门内设编辑室（分辑、编、译三部分）、考古研究室、歌谣研究会，风俗调查会、明清史料整理会，方言调查会等机构，并在图书馆内开设供研究用的特别阅览室。设研究所国学门委员会，委员长由蔡元培兼任，委员有顾孟余、沈兼士、胡适、马裕藻、钱玄同、李大钊、朱希祖、周作人等。沈兼士任国学门主任。受聘为国学门导师的有：王国维、陈垣、钢和泰、伊凤阁、陈寅恪、柯劭态等；萝叔蕴受聘为考古学通信导师。
改组后的研究所（实际只有国学门）比原来的较为正规化，但基本上仍反映了资产阶级高等教育的自由主义特色。研究题目、研究方向和范围完全由教授自由选定；有的研究课题，由教授随时提出，在日刊上公布，有兴趣的学生可自由报名，经导师同意即可入所研究。原来评议会通过的研究所组织大纲规定研究生以本校毕业生及未毕业生之有特别研究成绩者为限，在国学门委员会讨论时，沈兼士提出不应限于大学一校之毕业生，蔡元培也认为：实在程度相当者，亦不能拒绝，应有规则限制。可照本校未毕业生办法，限于曾作研究，已有成绩者。后同意胡适的，提议，研究生对象包括“校外学者”。这样，北大研究所成为面向校内外的研究机构。我们从下述国学门研究规则中，可以看到当时研究生的培养制度：
1.凡本校毕业生有专门研究之志愿及能力者，未毕业之学生及校外学者曾作特别研究已有成绩者，皆可随时到本学门登录室报名，填写研究项目，有著作者并送交著作，一并由本学门委员会审查；其审查结果合格者，得领研究证到所研究。
2.凡本校毕业生及校外学者不能到校而有研究之志愿者，得通信研究；其报名及审査手续均照上条办理。
3.研究生须将关于研究之经过及其成绩随时报告，以便在本学门所办之杂志发表，或刊入丛书。
4.研究生遇必要时，可要求本学门主任与有关系之各学系教授会代请本校教员及国内外专门学者指导研究。
5.本校教员可以自由进所研究。
6.本校教员可以提出问题，召集研究生入所指导，或共同研究。
7.本学门随时聘请国内外学者为专门讲演；其公开与否，临时定之。
这时研究所的各项制度也比过去完善。为鼓励研究工作的进行，建立了奖学金制度，研究所设奖学金若干名，奖学金的授与，由研究所委员会根据本年度研究生的成绩，以占委员四分之三以上的表决通过，拟定应得奖学金的研究生名单，并附著作，函请所长决定。奖学金不分学科，但为特别提倡某种学科起见，可由研究所委员会指定一部分金额，为某种学科的奖学金。此外还为贫苦学生设立了六个助学金名额。研究生研究论文的评定分甚优、优良、合格三等，不合格者不给证书。
研究所国学门成立后就开始招收研究生，如郑天挺、容庚、冯淑兰（女）、罗庸、商承祚、张煦、魏建功等，都是这一时期的研究生。研究的课题，由导师随时提出，在日刊上公布，有兴趣的学生可自由报名，经导师同意入所研究。这一时期导师提出的研究题目，诸如伊凤阁的“西夏国文学与西夏国文化”，陈寅恪的“长庆唐蕃会盟碑藏文之研究”、“鸠摩罗什之研究”、“中国古代天文星历诸问题之研究”以及搜集满洲文学史材料等。林玉堂曾在1924年下学期开设《中国比较发音学》研究班，招收二十人，每周研究二小时，目的为考定中国重要方言中所有的音声。同时，他还在国学门主办《标音原则》班，讲解用国际音标注国语及方言的方法，具普及的性质。
除了指导研究生从事研究外，这一时期研究所国学门主要进行了如下几方面的工作：
出版定期刊物。开始时出版《歌谣周刊》，后改为《研究所国学门周刊》，不久改为月刊。蔡元培很重视创办学术刊物的工作，以为研究者提供发表论著的园地。他曾提议以研究所四学门为基本，每一学门出一种杂志，经国学门委员会议决，由研究所四学门分任编辑，每年每学门共分配负责三期；外国文学、自然科学和社会科学三门未成立以前，由各相关学系分组担任。《国学门季刊》由胡适任主任编辑。这个刊物发表了一些关于中国的文学、史学、哲学、语言学以及考古学等方面的研究成果，取得一定的成绩。
整理、摘采明清档案史料。明末及清代内阁一部分档案，原堆积在午门城楼无人整理。1922年夏，经学校交涉拨归北大整理。蔡元培很重视这项工作，经他提议，由国学门和史学系组织明清史料整理会负责。这批档案是以题本和报销册为大宗，其间有不少珍贵史料；经过分朝代、摘由、内容整理等步骤，为专门学者提供分类研究材料。该会出版了《要件陈列室目录》，整理的“明季关于关东边事及流寇之题稿”千余件摘录也在《北大日刊》上陆续公布，整理的还有《明季兵科题行稿摘要汇编》、《清九朝京省报销册目录》等，但未刊行。
进行考古调查和纂著考古方面书籍。研究所国学门成立时曾设立考古研究室及陈列室，后又组织古迹古物调查会。1923年5月24日，北大考古学会成立，马衡为会长，先后进行过多次考古调查和发掘工作，如河南新郑孟津两县出土的周代铜器，北京官山明代古迹，洛阳北邙山出土文物，甘肃敦煌古迹调查等。纂著考古方面的书籍，已印行的有《封泥存真》，成稿待印的有《甲骨刻辞》、《古明器图录》、《金石书目》、《缀遗斋彝器款识考释》、《艺风堂所藏金石文字增订目》、《大同云冈石刻》、《兴化寺壁画考》、《甘肃调査古物古迹之各种摄影》等。1922年3月和9月，国学门委员会还抗议已逊位的清室企图出卖《四库全书》和古物，并发表公开消息，阻止盗卖活动。国学门还多次向国内呼吁和宣传保护古物，对保护祖国文化遗产起过一定作用。
歌谣的征集和刊印。蔡元培十分重视民间文学的采集、整理和研究工作，早在1918年2月1日，他就以自己名义在北大日刊上刊登《校长启事》，征集全国歌谣，启事说：“本校现拟征集全国近世歌谣，除将简章登载日刊，敬请诸君帮同搜集材料外，所有内地各处报馆、学会及杂志社等，亦祈各就所知，将其名目、地址函交文科刘复君，以便邮寄简章，请其登载。”同时还刊登了征集简章，征集的歌谣包括：一、有关一地方、一社会，或一时代之人情、风俗、政教沿革者；二、寓意深远，有类格言者；三、征夫、野老、游女、怨妇之辞，不涉淫亵，而自然成趣者；四、童遥、谶语，似解非解，而有天然之神韵者。它特别强调记录要忠实存真的原则，“歌词文俗一仍其真，不可加以润饰，俗语亦不可改为官话。”“有其音无其字者当在其原处地位画一空格，而以罗马字或音标注其音，并详注字义以便考证”；“歌谣通行于某社会、时代当注明之”；“歌谣中有关历史地理或地方风物之辞句当注明其所以”“歌谣之有音乐者当附注乐谱”。简章说明歌谣征集由“沈尹默”主任一切并编辑“选粹”，刘复担任来稿之初次审订并编辑“汇编”，钱玄同、沈兼士考订“方言”。同年北大成立了歌谣征集处。1920年10月10日，歌谣研究会成立，1922年研究所成立后归并入国学门。于是，作为民间文学的歌谣，正式成为北大研究所的一个重要研究项目，这是蔡元培的一项富有创见的开拓性工作，对新文化运动是一个有力的推动。当时应征的人很踊跃。先是在北大日刊上每日刊载一首歌谣，1922年12月17日创办了《歌谣周刊》，作为北大日刊的附张，其中有采集，也有研究讨论；到1926年收集了一万三千九百多首歌谣，经整理、研究汇集成书的有：题为《吴歌集》、《北京歌谣》、《河北歌谣》、《山歌一千首》、《南阳歌谣》、《昆明歌谣》等歌谣丛书八种；题为《看见她》、《北京歇后语》等歌谣小丛书四种，以及《孟姜女故事歌曲甲集》、《孟姜女故事研究集》等故事丛书两种。顾颉刚等人参加了歌谣的编辑工作。这件具有开风气意义的工作，推动了采集、整理和研究民谣、民歌和民间故事的工作，这对于保存和发扬民间文学，确立民间文学应有的地位，都起了重要的作用。
方言调查。因整理歌谣引起方言研究的必要，1924_年1月26日方言调查会成立，林玉堂为主席。曾经试用方音字母草案音标调查过十五种方音，并准备进行广泛的方音调查，以编制“中国方音地图”。此外还在《歌谣周刊》出过一期方言研究专号。1925年刘复主持国文系与国学门合设的语音乐律实验室，对语音乐律进行过一些科学实验工作，并用实验语音学方法对汉语四声进行了一些科学研究，曾发表过《四声实验录》。
风俗调查。1923年5月24日成立了风俗调查会，调查各地的风俗习惯，如征集过各地关于旧历新年的风俗物品，并曾计划筹办风俗陈列馆。
举办月讲。规定每月5日为专门学术讲演会，定名为研究所国学门月讲，以刘复为月讲干事。
此外，国学门还纂辑了一些学术研究参考的工具书，已印行的有《慧琳一切经音义引用书目录》，已成稿的有《艺文类聚引用书籍目录》、《太平御览引用书籍增订目录》、《太平御览引用书细目》、《太平广记引用书籍增订目录》、《希麟续一切经音义引用书细目》等。同时还编辑了一些引用书目、分类书目、学术年表以及诸子所用哲学名词索引等。
应当说，“国学”是一个涵义不明确、十分笼统的概念，它研究的对象几乎涉及文、史、哲、语言、考古等各方面。但国学门的研究工作当时取得了一定的成绩，为旧中国的学术界培养了一批研究国学的人材。1926年10月，蔡元培在《十五年来我国大学教育之进步》一文中，回顾了国学门所取得的成绩，他说：“五年以来，其中编辑室、考古学研究室，明清史料整理会、风俗调查会、歌谣研究室、方言调查会等，已著有不少的成绩。所著录研究生三十二人，也已有十二人贡献心得的著作。”研究生中，如商承祚的《殷墟甲骨文字汇编》、容庚的《金文编》、罗庸的《尹文子校释》、张煦的《公孙龙子注》等著作，都是他们研究的成果。导师陈垣编著的《中西国历对照二十四史朔闰表》也在这时出版，为研究二十四史提供了重要工具书。当然，这些学术研究活动，由于受到当时条件的限制，还不够广泛和深入，研究的成果主要是整理和收集资料方面，而且也不够系统和完整。
当时北大除研究所外，还设有国史编纂处，是一个属于研究和编纂性质的机构。还在袁世凯当政时，聘湖南名士王阍运主持成立了一个国史馆。王死后，机构徒有虚名。蔡元培长校后，援各国大学的成例，经北京政府准许，将国史馆改隶北京大学，改称国史编辑处，蔡元培兼任处长。移交时，除一块木牌、几包卷宗外，有关国史材料一篇也没有。蔡元培亲自筹划，拟订编纂略例，将该处分征辑及编纂两股，聘请叶瀚、屠寄、张相文、刘师培等史学系教授分任各股负责人。当时还拟订了颇具规模的编纂计划，分通史、民国史两部。通史部分为政治史长编（包括年表、大事记及志三类）、文明史即专史（分为经济、风俗、宗教、科学、哲学、文学、美术等类），同时还要编一部包括人名、地名、职官、器物、方言等类的词典。民国史则编纂前五年的长编。蔡元培主张编史从长编入手，然后由专门史学家编为通史。编纂工作从二十四史等原始史料做起，每月提出工作报告，由蔡元培亲加校阅，取得一些成绩。屠寄的专著《蒙兀儿史》也是在这时完成的。但到1919年五四运动发生，蔡元培离京出走，徐树铮乘机向国务院提出取消北大国史编纂处，收回直属国务院，仍称国史馆，致使这项工作被迫中断。
