咸丰四年（1854年），曾国藩收复武昌。咸丰闻讯大喜，对群臣说：“不意曾国藩一书生，乃建此奇功。”大笔一挥，即令曾国藩署理湖北巡抚。后满人文庆执掌军机处，频频向咸丰帝单独进言“国藩负声望，能杀贼，终当建非常之功，时时左右之”。文氏殁后，肃顺秉政，继承了其重用汉臣的思路，曾国藩的春天来了。肃对于曾，可谓处处庇护。
咸丰十年（1860年），肃力挺曾氏出任两江总督。之后，曾在安徽作战失利，朝廷非议四起，肃在庙堂上厉声道：“胜败兵家之常，临阵易帅，兵法大忌，不如使之戴罪立功可也。”这才有了曾日后克复安庆的奇勋。可见，肃顺已将曾国藩引为自己的心腹，曾也视肃为后台，而众人则把曾国藩看成“肃党”的骨干。
农历十一月十四日，宫中发生变故。曾国藩接到一份公文，获悉两宫垂帘与恭王议政，而肃顺等顾命八大臣杀头的杀头，革职的革职。而就在同时，朝廷莫名施恩，谕令曾国藩节制江皖赣浙四省军务，本已摸不着头脑的曾氏彻底一头雾水了。
情急之下，曾上折请求朝廷于金陵收复前勿再加恩。他还违背一向的做人原则，私下致函任职京师的老友吴廷栋，打探风声。然以上动作，都难以平复自己的忧虑。自古朝廷诛杀功臣，往往采取欲抑先扬之术，每想及此，曾便“用心太过”、“睡不成寐”。终于，曾再也无法抑制这种恐惧，于是在写给九弟曾国荃的家书中喷涌而出：吾通阅古今人物，似此名位权势，能保全善终者极少……日中则昃，月盈在亏，吾家亦盈时矣……
建功容易，保全不易，且行且珍惜！既然命运不在自己手中，曾国藩唯有日日如履薄冰，夜夜坐等天明……
此刻的中央却是一番众人欣喜若狂、弹冠相庆之景象。
剪除肃顺的第二天，清廷就迫不及待地公布了新一届军机处领导班子成员名单：领班大臣恭亲王奕訢、户部左侍郎文祥、大学士桂良、户部右侍郎宝鋆、鸿胪寺少卿曹毓英及户部尚书沈兆霖。这套阵容，四名满员，两名汉员，折射出两个新的动向。
第一，这是赤裸裸恭王嫡系的“嘉年华”。文祥向来是奕訢之股肱，英法联军侵华期间，文祥协助恭王议和。政变之后，文氏依然效力赞恭王，任劳任怨。桂良是奕訢的岳父，姑爷发达，老丈人自当尽力维护。宝鋆亦是恭王亲信。曹毓英无须多言，在政变中居功至伟，此次入圍，毫无意外。而排位末尾的沈兆霖，曾是恭王五哥奕訢的老师，堪为恭王的铁哥们。
第二，两位汉族军机，都是南方人，可谓对前肃顺领导班子的彻底反拨。肃顺当权时，军机处有匡源、杜翰、焦佑瀛三位汉人，籍贯分别是山东胶州、山东滨州及天津静海，北方汉臣俨然与满臣平分秋色。恭王上台后进入班子的曹、沈二人，一位出自江苏江阴，一位籍贯浙江钱塘。要知道若论资历，朝廷尚有贾桢与周祖培二位老臣，可惜他俩一个是山东人，一个是河南人，自然难入恭王法眼。所以，奕訢引荐曹、沈二人，当有意与之前的肃顺集团立异，释放出强烈的重用南方士人之讯息。
套用曾国藩的说法，主政初期，恭王已呈盈满之势。两宫先是打破祖制，封其为议政王。同一天，又任命其出任军机大臣和宗人府宗令。次日，他又将管宗人府银库、总管内务府大臣等职尽数收入囊中。时隔一周，两宫又以幼帝名义，赐给奕訢世袭罔替“亲王”爵位，这亦是违背常例之举。不到十天，之前尚需仰肃顺之鼻息的恭王，已是大权在手，一人之上，万人之下，这一年他才28岁。
虽已拿下政权，但毕竟是通过非正常的政变途径，叔嫂深感自身的统治合法性尚不稳固。如何摆脱“肃顺的阴影”，让人们淡忘那段灰色往事，便成为叔嫂三人亟需解决的头等大事。
名不正则言不顺，两宫先从变更年号入手。之前肃顺等人定年号为“祺祥”，两宫认为该字样意义重复，命军机处改拟“同治”二字，隐喻清初顺治时，孝庄文皇后与摄政王多尔衮共治天下。
说穿了，改年号仅是表面功夫。叔嫂真正想要的效果，则是努力通过建构一种“同治中兴”的气象与格局，来让世人忘却不堪的以往。而达到这种目的最好的手段就是改革。要改革，就需设立相应的机构把握全局，统筹兼顾。于是总理各国事务衙门应运而生。同治元年（1862年）三月，总理衙门正式设立，权势煊赫的恭亲王走马上任，昔日的草台班子也一跃成为无所不能的超级机构。
自雍正皇帝始，大清举国最大的机构莫过于军机处。而奕訢便依葫芦画瓢，仿照军机处模式来设计总理衙门的整体架构。总理衙门的一切设置，皆与军机处相似，甚或重合。随着中外交涉的增多，自强改革运动的开展，加之恭王个人政治强势的渗透，它就成了无事不管、无所不能的超级部门。清廷传统的职能部门乃吏、户、礼、兵、刑、工六部。但总理衙门设立后，其职能就渐被侵越。原有政府职能所不能覆盖的新领域，也皆被总理衙门把持。
从事务上看，总理衙门成为凌驾于六部之上的超级部门；从功能上看，总理衙门不是军机处，也不是六部，但却兼两大机构职能而有之，实为具体而微的“政府内阁”；故从职务上看，恭王类似于政府首脑的角色。也正是此航空母舰般的超级机构运用其庞大权力资源，强推近代第一波改革潮流，追求自强求富的洋务运动方得以推广开来。
不过，改革自然要触动甚至突破以往的利益格局，复杂诡异的博弈才刚刚开始。
改革才是硬道理，但改革非“同治中兴”之全部，意识形态领域的重建，亦是题中必有之义。27岁的西太后慈禧对此尤为看重。
咸同之交，许多官绅士人反思社会政治危机之根源，大都归结于学术文化问题。在其眼中，于乾嘉盛极一时的汉学，名实而实空，其学于人事无益，于国事无补，甚至有人指斥“天下不乱于粤匪，而乱于汉学”。于是众人呼吁中央加强主流意识形态建设，即崇尚理学。
崇尚“正学”，就要大量任用和培养专门为清廷进行思想理论建设的御用理论家队伍。两宫遂于同治元年（1862年）三月命宿儒倭仁任帝师，擢另一位大儒吴廷栋执掌大理寺卿。
到了六、七两月，军机处出现不小的人事变故，先是桂良病逝，接着沈兆霖在西北遇山洪殉职。领导班子顿时空出两缺。经过慈禧的暗中授意，满人军机不再补入，而令时任左都御史兼户部尚书的名儒李棠阶进入。李擢升军机处，可谓意味深远。其一，他籍贯河南河内，此番入枢，使得南士与北士在军机处的势力趋于平衡，从而奠定了此后二十余载枢垣中一南一北的格局。其二，李之入围，使得彼时理论派或立场偏于保守的力量与以恭王为首的改革派大致形成均势。此外，诸如翁同龢、李鸿藻、徐桐等理论新锐亦在政界崭露头角，构成了第二梯队。不到一年，改革派已失去了绝对优势。其三，造成这一隐然对峙态势的幕后推手，恐怕当属慈禧。叔嫂共治模式本就是临时状态，极不稳固，发展下去要么太后搞掉王爷，要么王爷架空太后。慈禧权力欲强且工于心计，自然不甘任凭奕訢坐大成势。但碍于垂帘成例，慈禧只得借力打力，曲线布局，依靠其便于接近的理论家和帝师势力，形成自己的太后集团。
同治元年，堪称晚清之改革元年。地方大吏尚在观望，改革力量处于优势，而反对势力亦暗自蓄力。只可惜，奕訢却浑然不觉！
