上周我在文学城博客里发了一篇文章《也来谈谈阎润涛颜宁之争》（https://www.wenxuecity.com/blog/202211/43982/8814.html）。文章发表之后感觉对颜宁是否剽窃的问题讲得不够透彻，所以在这篇文章里作一些补充说明。

在前文里我科普了转运蛋白的喇叭口模型。在这里再简单描述一下：转运蛋白呈V形，在朝内开口和朝外开口的两个构型之间转换。在转换的过程中糖分子或其他底物从细胞膜的一侧转运到另一侧。

喇叭口模型1966年由Jardetzky提出。早在七十年代，生化和动力学的研究就已经为喇叭口式的底物转运过程模型提供了有力的证据。虽然如此，随着分子生物学的发展，人们还是希望通过分子生物学的新技术来佐证这个模型的存在。老阎的研究就是围绕这个课题展开的。他研究大肠杆菌的一个叫UphT的转运蛋白，发现UphT上的一个氨基酸C265的突变不仅会影响这个蛋白和细胞内的底物结合，而且会影响蛋白和细胞外的底物结合。所以他的实验结果为喇叭口模型提供了新的分子生物学证据。因为C265位于UphT上的TM7片段，老阎在他的论文里进一步推断TM7对转运底物起关键作用。他提出了一个模型：TM7位于蛋白的中央,喇叭口朝细胞外的时候这个片段暴露在细胞的外侧，使得底物进入喇叭口，当喇叭口转变方向，TM7暴露在细胞的内侧,将底物转运到细胞里。这个模型不仅为喇叭口模型提供了新的证据，而且为喇叭口模型的底物转运过程增添了一些细节。遗憾的是，老阎的模型并没有涉及到构型转换是如何发生的（构型转换机制）。从老阎论文的标题和abstract可以看出他和他的导师虽然证明了TM7在底物转运过程（translocation pathway）中的作用，可是没有看到这个片段对蛋白构型转换（conformational change）的重要性。老阎的论文里说得很清楚：“虽然我们有能力找到一个位点在UhpT的底物转运过程中的作用，可是我们仍无法对底物转运过程如何操作发表意见”（Although we can identify a residue within the translocation pathway of UhpT, we cannot yet comment on how this pathway might operate.）在这句话后面老阎提出了两个方案,可是都和颜宁的模型不同，而且C265这个位点在Glut1里根本就不存在。Glut1和UhpT虽然有相同的拓扑结构，可是氨基酸序列却非常不一样。

现在我们比较一下老阎和颜宁的模型。打个比方，A某观察到汽车行驶（底物的转运）是因为车轮会旋转（老阎的模型）。可是这个观察并不能告诉大家车轮的旋转是由什么驱动的。要想知道车轮的旋转原理，就必须把汽车的内部构造搞清楚。 于是B某从汽车的内部构造发现是发动机带动了齿轮，使得车轮可以旋转 （颜宁的模型）。即便B某在事先知道A某观察到轮子会旋转的情况下公布了旋转原理，剽窃的罪名也不能成立，因为虽然都提到轮子是关键部位，A某和B某说的是两码事。同理，虽然两篇论文的模型都指出TM7起关键作用，可是此关键非彼关键，两者不在同一个层次。老阎的模型局限于对底物转运过程的描述（汽车行驶是因为轮子会旋转），而颜宁的三维结构解析的是喇叭口构型是如何从朝里开口转换成朝外开口的机理（旋转是发动机驱动的）。颜宁的三维结构显示TM7的某几个氨基酸和旁边的TM1上的氨基酸形成氢键，从而加强了朝里开口的构型的稳定性。除了TM7和TM1，另外一个叫做ICH的片段对朝外开口的构型起关键作用。

请注意老阎的论文对TM7在构型转换中的作用没有任何讨论。我在前文里说“老阎发现TM7片段对喇叭口构型的转换有关键作用”，其实并不准确，应该改为“老阎发现TM7对转运底物的过程有关键作用”才更准确。总之，老阎的模型和颜宁的模型虽然都涉及TM7，可是有本质上的不同。所以颜宁剽窃的罪名不能成立。

以上是我读了阎颜的两篇论文以后的分析和结论。现在来说一说老阎在自然杂志网站上的投诉信。投诉信没有提到TM7，而是用了很大篇幅试图说明颜宁论文中图5的模型如果没有他老阎的实验是得不出来的。

让我们看看如果颜宁没有看到老阎的论文，她能否想出图5的模型。颜宁提出她的模型基于两点。（1）喇叭口模型，（2）对朝里和朝外两种构型的三维结构进行的比较。第一个基点是1966年的经典论文和70年代提供生化和动力学实证的论文，这篇论文颜宁引用了。颜宁还引用了一篇首次用晶体结构证明了喇叭口模型的论文，对颜的模型来说就足够了。（请注意喇叭口理论不是老阎发明和证实的）。第二个基点是颜宁2012和2014年论文里的数据。2012年的论文研究的是Glut1在大肠杆菌里的近亲（homologue）XyIE,其晶体结构的开口方向和Glut1的结晶体相反。颜宁通过对比这两个近亲蛋白的晶体结构，推断出一个构型转换的动态模型。这个方法被学术界肯定。颜宁论文的高引用率就是证明。

老阎没有读懂颜宁的论文。他认为颜宁剽窃是因为没有认识到颜宁的模型和自己的模型的本质区别，再加上他认为喇叭口模型所描述的底物转运过程是自己发现并证明的(幸亏只是在投诉信里而不是在论文里这样认为，否则有剽窃之嫌。我怀疑文章是他的导师写的，把老阎论文的意义讲得很清楚而且恰如其分，而老阎没有正确领会，才会在投诉信里那样讲)。

那么颜宁究竟有没有看到过老阎的论文？我一直倾向于颜宁没有看过，一个理由是老阎论文的标题和Abstract里没有TM7以及其他相关的关键词，所以很难在Pubmed上搜索到。可是我经过多次尝试还是搜索到了。所以我现在不再反对颜宁看过老阎的文章的推测。但颜宁没有看过的可能性也同样存在。我发现这个的议题已经超出了学术的范畴，再追究下去没有什么意义。这个议题其实并不重要，因为即便颜宁看过老阎的文章，这也不能作为剽窃的实证。阎颜的两个模型有本质的不同，这足以证明颜宁没有剽窃。

颜宁有错吗？我认为颜宁确实有错，但不是大错。老阎的模型虽然没有涉及到构型转换的机理，可是他发现TM7的一个位点对底物的转运起关键作用，还是挺重要的。所以不管怎样，颜宁未能引用老阎的文章是一个失误。有网友问我，既然老阎的文章引用率很低，为什么你还会认为没有引用老阎的文章是个失误呢？我的回答是引用率低只能说明文章没有受到重视，不能说明文章没有价值。不过引用文章上的失误和剽窃这两者不能混为一谈。

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