1988年4月13日，第七界全国人民代表大会举行换届选举，杨尚昆接替李先念，成为新一任中国国家主席
1991年，经中央批准的《毛泽东选集》新版发行，内中关于西路军的注释，作了重大修改：“（1936年）10月下旬，四方面军一部奉中央军委指示西渡黄河，执行宁夏战役计划。11月上旬根据中共中央和军委的决定，过河部队称西路军。他们在极端困难的条件下孤军奋战4个月，歼敌2万余人，终因敌众我寡，于1937年3月失败。”以后，经中央批准的中国大百科全书军事卷的有关条目、红四方面军战史、徐向前逝世中央的讣告及徐帅生平等，都明确指出西路军过河和转战河西均奉中央和军委的命令。
然而，由于历史包袱沉重，某些著作依然有意无意掩饰历史真相。1991年7月8日，李先念致信杨尚昆等同志，针对即将推出的《中国共产党历史》上卷中对西路军历史的所谓“奉命”的模糊表述，愤怒而严厉地批评说：“奉命”“奉命”，究竟是奉谁的命令？几十年来一直说“西路军是奉张国焘之命西渡黄河的”，甚至说“西路军是张国焘擅自命令组成的”、“西路军是张国焘错误路线的牺牲品”等等。直到1991年1月，《新华文摘》上还刊登有类似说法的文章（《红军西路军史研究中有关问题的再探讨》，刊于《新华文摘》1991年第1期）。现在这本着作竟对恢复西路军历史真相的事实充耳不闻，视而不见，用如此含糊不清的“春秋笔法”，对得起壮烈牺牲的西路军将士吗？在李先念的干预下，人民出版社把已经装订待发的7万本成书中相关书页全部撕去重装。正式出版时改正了上述提法。在此前后，反映西路军悲壮历程的史学、文学和影视作品不断问世，从而为深入研究西路军创造了较好的环境。
2001年11月7日，在徐向前诞辰一百周年座谈会上，中共中央总书记江泽民同志发表讲话，并同时指出：“1936年10月三大主力红军会师后，他奉军委命令，任西路军军政委员会副主席兼西路军总指挥，指挥部队与敌人血战四个多月，有力地策应了河东红军的战略行动。”这是中共中央在新世纪之初，对红军西路军所做出的明确公正的评价。
西路军的历史说明，世间没有任何人物或政党没有犯过错误。“一贯正确”、“战无不胜”的神话，只在那些不合格的宣传品中存在。真正的史学著作应该客观地揭示历史真相，科学地总结历史教训。中国革命走过曲折复杂的道路，即使在正确路线之下也难免失败与成功交织，正确与错误并存。失败和错误，既不会因人为的淡化而消逝，也不会因揭示真相总结教训而令人意气消沉。相反，它将使人们从历史教训中省思自我，提高自信，并对敢于正视历史引以为戒的政党及其领导者更加增强信任感，从而提高其威望。那种迷信“隐恶扬善”，文过饰非甚至诿过于人，掩尽天下人耳目，其实是最愚蠢的。前苏联党史以极尽美己之丑、丑人之美为能事，用假历史蒙蔽苏联人民，一旦被戳穿，其结果之惨已举世皆知，人们能不引以为戒！