但同时有人质疑，为何中国第一位科学类诺贝尔奖得主，竟然多次落选中国科学院院士，甚至没有得到过国家自然科学奖的一等奖？中国网络上有人戏称屠呦呦是“三无”科学家，即无博士学位，无留洋背景，无院士头衔，以此讽刺中科院院士的选拨机制。也有人称，屠呦呦获诺奖的理由是发现青蒿素，而青蒿素是应毛泽东要求，举国体制下集体科研的结晶，所以屠呦呦获奖是对其他人的不公平。
诺奖是毛泽东思想的胜利？
10月5日，瑞典斯德哥尔摩卡罗琳斯卡医学院，诺贝尔奖委员会宣布，2015年诺贝尔生理学或医学奖由爱尔兰医学研究者威廉•坎贝尔、日本科学家聪大村（Satoshi ōmura）以及中国药学家屠呦呦获得。屠呦呦独得一半诺贝尔奖金，威廉•坎贝尔和聪大村共享另一半诺贝尔奖金。屠呦呦的获奖理由是“屠呦呦发现了青蒿素，这种药品可以有效降低疟疾患者的死亡率”，“屠呦呦是第一个发现青蒿素对疟疾寄生虫有出色疗效的科学家”，“青蒿素能在疟原虫生长初期迅速将其杀死，它的作用不可限量”。
屠呦呦是谁，青蒿素又是什么？其实青蒿素并非刚被发现，青蒿素的发现源于毛泽东亲自要求成立的“523任务”。1966年，毛泽东指示称：“把解决热带地区部队遭受疟疾侵害，作为一项紧急援外、战备重要任务立项”。1967年，从事疟疾研究的37个单位、88名代表召开会议，成立“523领导小组”和“523办公室”。由于最高领导的直接过问，“523任务”一直运行到20世纪70年代中期。屠呦呦是1969年才加入“523任务”的，所在的小组是“中药研究小组”，屠呦呦任组长，小组成员还有余亚纲、顾国明、钟裕容等。
屠呦呦获得诺贝尔生理学或医学奖
最先研究青蒿的不是屠呦呦，而是余亚纲。余亚纲和顾国明发现青蒿对鼠疟原虫有特殊的抑制效果，效果达到80%，但他在1970年被调离“523任务组”。余亚纲离开时，将研究成果告知了组长屠呦呦，屠呦呦接过了余亚纲的研究任务。屠呦呦从青蒿中成功提取出样品，该样品对鼠疟原虫具有100%的抑制率。1972年“523任务组”上报该发现，后来该小组荣获一系列奖励，但这些奖励都是针对研究集体，并不是发给屠呦呦个人。1996年该小组又荣获“杰出科技成就集体奖”，屠呦呦在得奖人名排序中位居第九位。
1972年，屠呦呦以组长身份作关于青蒿素的汇报时，题目是“用毛泽东思想指导抗疟中草药工作”。有观点认为，青蒿素的发现是在军民联合的大项目、大协作背景下产生的，那个时代毛泽东的指示是一切工作的依据，为了青蒿素的发现，上百位中国顶尖的药学家努力工作数年。但西方国家不理解中国的科研体制，他们认为“奖项只颁发给最先的发现者”，“屠呦呦以组长身份向我们介绍了青蒿素”，“屠呦呦是青蒿素的最先发现者”，所以该奖项只能颁发给屠呦呦。
屠呦呦获奖有人不信服
屠呦呦在颁奖典礼上说“青蒿素的成绩属于科研团队中的每一个人，属于中国科学家群体”，但她的这些谦逊的言论并没有获得中国业界的称赞。有业内人士指出，“她从来没有承认过别人的工作，现在的致谢被认为是缺乏诚意的”。屠呦呦的代表作是《青蒿及青蒿素类药物》，这部出版于2009年的著作，因为引文署名的细节招致了广泛的批评。有人认为，书中未能充分肯定其他研究小组和研究成员的作用，并且屠呦呦夸大了自己在“523项目”中的作用。
《科学》杂志曾报道，“屠呦呦获奖点燃了一个争议：是否应该把研发出强有力的抗疟药物——这个文化大革命期间政府的一个大规模项目的成果——归功于一个人。”北京大学生命科学学院院长饶毅称，“我们作为无争议方试图和屠呦呦交流也有一定困难，不理解她把中医研究院的原始材料至少有段时间收藏在自己家，不愿给我们看”。自“523任务”完成后，中国药学界很多人认为屠呦呦“不够淡泊名利”“个性执拗”。
很可能是关于青蒿素发现权的争议，导致了屠呦呦多次落选中科院院士。屠呦呦落选中科院院士，说明其研究成功并未获得中国主流科学界的认可，但这并非否定青蒿素的的历史地位，而是对青蒿素因为对青蒿素发现权难以界定。曾有中国科学界称，“青蒿素不重要吗？挽救了数百万人，非洲十几个国家普及率100%，谁敢说不重要？但我们无法确定奖项的归属，青蒿素属于一个集体。”更有人称，青蒿素作用的发现顺序是余亚纲、顾国明和屠呦呦，屠呦呦只能排到第三位。
青蒿素的发现，是特殊时代根据毛泽东的要求而做到的，当初报告大会上称“这是毛泽东思想的胜利”。有人认为，屠呦呦的贡献在于青蒿素的提纯，青蒿素是集体协作的结晶，是举国体制的胜利。但西方科学界更注重个人独创性的贡献，诺委会成员称“屠呦呦最先在中国政府做青蒿素的报告”，“屠呦呦作为组长向我们介绍了青蒿素的作用”，并认定屠呦呦是青蒿素发现的第一人。屠呦呦获诺贝尔奖引发争议，实际上反映的是中国和西方国家科研体系的区别。