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4.天使的舞姿,空间结构

  天使的坐姿仍很颀长,行动不便,而我们常见到的天使有两类,一类是丰满的球状蛋白,一类是苗条的纤维蛋白,这就是蛋白质的空间结构。

  蛋白质的空间结构是在二级结构基础上进一步扭曲盘旋而形成的三级结构或四级结构。在蛋白质二级结构中,如果把形成氢键的两个氨基酸作上记号,然后把蛋白质拉直呈睡姿状,我们会发现这两个氨基酸的距离不超过十个单位,这被称作“短程顺序”。

  蛋白质空间结构的维系力更弱,主要是我们化学上所讲的范德华力,疏水作用力(因两个单位疏水而被水分子挤到一块),也有氢键,但形成氢键的两个单位在一级结构上相距很远,称为“长程顺序”。长程顺序是空间结构区别于二级结构的主要特点。因为蛋白质尤其是酶中含有金属离子,所以空间结构还可以形成离子键。

  酶和普通蛋白质的重要区别是具有活性中心。

  酶是一个分子量很大,氨基酸单位数以百计的大分子,两个一级结构完全相同的酶,我们称之为双胞胎天使A和B,她们像我们日常见到的双胞胎一样,尽管长相多么相似,但行为总是不尽相同的。无论如何,双胞胎天使在形成舞姿时,总有一些特定氨基酸的位置靠得很近,这些单位称为不变单位,它们构成活性中心。

  为了说明不变单位与活性中心的关系,我们动手做一个模拟实验。假定同学A拿了两串不成环的佛珠,一串100个珠,另一串150个珠,相当于两条多肽链;同学B拿了与A完全相同的两串佛珠。现在同学A在一串上标上数字1,2,3,。,100,在另一串上标上1′,2′,3′,。,150′;同学B如法炮制。设定5,35,55,98,1′,47′,81′,131′号佛珠为不变单位,在它们上面各拴上一根等长的细线,把细线的另一端集结在一块并提起佛珠,由于重力作用,不变单位会靠在一起。如果我们比较A、B俩的模型,就会发现,被选为不变单位的佛珠都靠得很近,而其他单位的位置则不那么确定。这就是活性中心和非活性中心的差别。

  科学家们也发现,活性中心又分为两个部位,相当于天使的两只手臂,一只手臂怀抱底物(反应物),称为结合部位,另一只手则剪断或结起化学键,称为催化部位。

  酶的这些美妙的结构和功能,难道会逊色于我们想象中的天使吗?

  
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