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2.天使的睡姿,一级结构

  到现在,细胞中的天使在我们脑海中的形象仍是神秘的,为了看清其庐山真面目,我们必须大胆地掀开她的盖头来,对她的衣食住行作一个彻底的了解。我们可以把酶的结构分为一级结构、二级结构和空间结构,我们分别形象地称其为天使的睡姿(伸展状态)、坐姿(活动前的过渡状态)、行姿或舞姿(活动状态)。

  犹如原子是物理性质的最小单位,分子是化学性质的最小单位,细胞是生命性质的最小单位一样,氨基酸是蛋白质的基本结构单位,也可以在最基本的意义上保持蛋白质的某些性质。目前,自然界已发现近200种氨基酸,但组成蛋白质的氨基酸只有20种。

  Ri

  氨基酸的结构通式是HOOC-CH-NH2(i=1,2,3,。,20)。每个氨基酸都有一个羧基(-COOH)和一个氨基(-NH2),羧基是有机酸的象征,氨基酸便由此得名:带有氨基的酸。与羧基相连的碳原子叫α碳原子,20种氨基酸都是α氨基酸。Ri有20种变化,每一种变化就是一种氨基酸。如果我们把每一个氨基酸看作一个球,那么每一种R变化就是给球涂上一种颜色或标上一个数字,天使的睡姿就是这样一长串五颜六色的球。

  这些球通过一种共价键的化学键连接起来,如:R1R5

  HOOCCHNHOCCHNH2,这个键形成于1号氨基酸和5号氨基酸之间,它们之间发生了一种叫“缩水反应”的化学反应,顾名思议,就是-NH2的H与羧基的OH结合为水而失去。由这个式,我们立即可以想象出后面的延长,都是通过方框里的这种形式发展下去的。方框里的部分具有连接作用,叫“肽键”,肽键并不是化学键,而是一个具连接作用的基团――“键”有连接的意思,我们可以把它看作一个方便的比喻。由肽键连接起来的一条链被形象地称作肽链,肽链就是天使的睡姿,是蛋白质的一级结构。组成肽链的氨基酸单位的排列顺序不同,就是不同的肽链,如1-2-3-20与1-3-2-20是不同的。运用简单的数学知识我们可以推知,一条由10个单位组成的肽链会构成P1020种不同的肽链;要知道,单位是可以重复的,那么就有1020种,而一条肽链远不只10个氨基酸。天使的睡姿简单优美,而其数学结果却可以大得惊人。这正是生命从简单性出发而体现出的复杂的美。

  一个蛋白质分子往往不只一条肽链,肽链之间不是通过肽键连接的(否则只能算一条),通过氢键或二硫键等更弱的吸引并列起来。

  彻底弄清天使睡姿要求想办法确定肽链的每一个氨基酸单位,也就是测定一级结构的氨基酸顺序。蛋白质分析的科学家曾绞尽脑汁来解决这个问题。1953年,英国的森格终于找到了这种方法并测出一种最简单的蛋白质――牛胰岛素的一级结构。现在这些方法已经蓬勃地发展起来,已有多种测序方法,还可以与计算机连起来运用,自动分析,时间快的可以在一天之内测定一个蛋白质分子的氨基酸顺序。

  这些测定顺序方法的原理今天看来就像我们在小学里玩的智力游戏,十分简单。它的基本步骤如下:

  第一步:测定蛋白质分子中肽链的数目。从肽链通式推知,每一条肽链都有两个不同的末端,氨基端(N端)和羧基端(C端),加入一种试剂与其中一个末端(如N端)反应并呈现颜色,我们就可以判定末端的个数。一个末端就是一条多肽链。打一个比方,我们可以把一个蛋白质分子看成一捆长短不一的竹杆,每一根竹杆就是一条多肽链,而一个竹节就是一个氨基酸单位。

  第二步,拆分多肽链。我们必须把竹杆拆分成一根根的,以便分别确定每一根的竹节。

  第三步,测定肽链两端的氨基酸。用特殊的方法可以确定竹杆两端的两个竹节,犹如涂上不同的颜色。如C-18-

  ……-2-N。

  第四步,多肽链断裂成肽段。用两种或多种方法把竹杆锯成不同的短杆,并把它们分开来测定。例如:C-18-。-3-5-4-2-1-。-2-N,用方法Ⅰ可以分成A:C-

  18-。-3-N和B:C-5-。-2-N;用方法Ⅱ可以分成C:C-18-。-3-5-4-N和D:C-2-1-。-2-N。

  第五步,测定每个肽段顺序。可以用特别的方法将短杆的节从一端逐个锯下来标上颜色并测定之,如:

  A:C-18-1-20-5-1-3-N

  B:C-5-4-2-1-19-13-14-2-N

  C:C-18-1-20-5-1-3-5-4-N

  D:C-2-1-19-13-14-2-N

  第六步:确定肽段在肽链中的次序。在上一步中,我们尚无法确定A段3-N与B段C-5是连在一起的,因为我们并不知道锯断的位置。于是我们可以把两种方法锯断的片段的重复对齐,看看缺口如何,如:

  A:C-18-1-20-5-1-3-N

  C:C-18-1-20-5-1-3-5-4-N

  和B:C-5-4-2-1-19-13-14-2-N

  D:C-2-1-19-13-14-2-N

  从上式我们可以看出:A+B=C+D,而其他拼凑方法则不行:A+C≠B+DA+D≠B+C,这就是说明A和B相连,C和D相连,它们分别由不同锯法得到。

  这是一项非常诱人的智力游戏,却是蛋白质测定的基本方法,读者不妨动手画出几个片段让你的同学或同事去拼凑,也可以让你的同学画几个片段来让你享受一下理智活动的乐趣。伟大的科学发现或发明常常原理上十分简单,关键是你首先得想到,然后要做到。桑格就因为这种我们小学时就玩的智力游戏而荣获了1958年诺贝尔化学奖。

  
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