1937年9月10日深夜，外蒙人民革命党高层65名干部突然被关进监狱。其中大多是中央委员，内阁部长，外加军队全部高层将领。当时苏共党员，外蒙未来的所谓领袖乔巴山私人工作笔记写到：
"到11月，共处决喇嘛20356人，600名是高级喇嘛，3174名是中级喇嘛，13120名是低级喇嘛，摧毁797座寺庙；在1937年至1939年之间，逮捕了56938人，其中20396人被处决，被逮捕的人中有17335人是喇嘛。"
大屠杀起因于外蒙总理根登赴苏朝圣时，斯大林明确表达对外蒙与中国的关系强烈不满，将中国佛教势力定性为"反革命势力"和讲传统蒙语的人是复辟势力，要求务必全面铲除。根登借作酒势，怒骂斯大林，煽了斯大林一个耳光，成为千古奇谈。
根登内心深处反对斯大林的强硬立场。他以拖延和搪塞的方式希望蒙混过关，斯大林对此失去了耐心。1937年，苏联内务部接管外蒙的内务工作，外蒙迎来最黑暗的一夜。65名高干一夜消失，总理根登被解除职务，以精神病为由被送往苏联。1937年11月，苏联以"颠覆外蒙古政权"和"日本间谍"等罪名宣判其死刑，立即执行。继任总理阿玛尔，对大规模清洗仍是阳奉阴违，处决根登后，每当提及他，阿玛尔时常流泪，苏联“专家”李维诺夫将此上报。1939年3月，阿玛尔以“反革命包庇罪”被押送苏联审判，受尽折磨，1941年7月10日——特意选在外蒙人民革命党建党纪念日被处决！乔巴山由此成为外蒙古最高领导人，对苏联唯命是从，连续十六次申请加入苏联被拒，因为斯大林深知外蒙是中国领土。
苏联顾问格鲁伯奇克1938年8月向斯大林汇报工作成绩：“到7月20日，771座寺院已有615个变成废墟，仍在运转的仅有26座，85000名喇嘛仅留下17338人，这些人还未逮捕，对中高层喇嘛我们将在下一阶段全部解决。"797座被苏联摧毁的寺庙，其中6000栋是中国古建筑文物，中国存世的元代早期主要文物几乎都被毁掉。几百年来外蒙教育、文化与经济中心，丰富的中国古代汉蒙满典籍、卷册、唐卡、铸像，统统化为灰烬！所有金银器皿被运往苏联。
占中国六分之一领土的外蒙古当年人口不足六十万。被苏联清除了近十分之一。除了所谓的反革命罪外，其他人是以“泛蒙古主义分子"被清除的，什么叫泛蒙古分子？即与内蒙或者中国佛教有关系的知识分子，军官，干部甚至讲汉语或传统蒙语的学生。
案件调查记录里被标注的认定依据：有内蒙古亲属关系；与内蒙古保持书信往来；曾经与漠南蒙古人通婚的家庭；曾经接待过内蒙古访客的人——这些，都被纳入"泛蒙古主义"调查范围，从而成为死罪。
1937年9月，当时仅有51名成员的中央委员中有36人被枪决。五万多外蒙精英，没有审判，没有公布罪名，仅仅怀疑你与中国还有关系你就是死罪！王公贵族因为与旧体制的联系；喇嘛因为宗教势力与新意识形态的冲突；知识分子有独立思想的潜在威胁；军官有武装力量的政治风险——仅仅因为讲地道蒙语或者汉语成了死罪。外蒙古社会原本的精英绝大多数被清洗了，生活在中国外蒙古的人民不得不背起了俄语字母。
中国内外蒙古之间历来通婚往来密切。特别是上层王公贵族以及宗教世家之间。外蒙古人以与内地婚嫁为荣，遭此重创，中国内外蒙古向今天的大陆与台湾一样，民众之间失去了最秘切的关系！（台湾每年引进六十万外劳，但是禁止中国人。甚至立法歧视两地通婚，为难陆配）
与内蒙古亲属关系？曾经娶过漠南来的妻子？或者嫁给了漠南蒙古人？与内蒙古的蒙古族保持书信往来？曾经出入过内蒙古？或在家中接待过内蒙古访客？家中藏有与漠南相关的文物典籍？会说汉语？这些都是当时外蒙人民的死罪之一！
1939年9月7日，无数外蒙精英消失，但对于蒙古世界而言，更大的损失或许并不只是死亡本身。一个个会写蒙文的喇嘛消失了。一个又一个连接内外蒙古的家族消失了。一座又一座保存地方记忆的寺庙消失了。一条延续上千年的通婚网络消失了。当最后一封跨越戈壁的书信停止投递时，被消灭的已经不仅是人，而是人与人之间的联系。而任何共同体，特别是民族认同，最终都建立在这种联系之上。
今天，无意中看到内外蒙古的铁丝网。铁丝网立在那里，看上去理所当然。但就在几十年前，这片草原上的许多人并不觉得自己生活在两个世界。有些人的妻子来自漠南。有些人的师父在库伦。有些人的亲戚在科布多。信件、商队和朝圣者穿过草原，远比今天容易。后来，人还活着，联系却死了。
一九六五年十月一日毛主席拉着大清皇帝傳仪，中华民国总统李宗仁的手登上天安门城楼，已经完全继承了大清帝国的主权。1921年成立的中华民囯共产党有中国人民解放军钢铁后盾定能率领中国政府履行大清皇帝的遗诏：“总期人民安堵，海宇乂安，仍合满、汉、蒙、回、藏五族完全领土，为一大中华民国”：中国人民，只有到那一天，才算彻底站了起来。