陈文清（图右）。
1986年11月，陈文清又被调到乐山市五通桥区担任公安分局局长，让他专门解决五通桥区治安溷乱的问题。五通桥是一个旅游区，是全国的游泳之乡和龙舟之乡，岷江穿流而过，社会治安非常复杂。
据媒体报导，陈文清到任后，经过深入调查分析，发现“严打”比较注重声势，打掉的是那些漂在水面上的严重刑事犯罪分子，对那些潜伏在“二层水”、即将发展成大要案的违法犯罪人员打击不及时，处罚也不到位。所以，造成打击一批又来一批的现象，社会治安不见好转。
陈文清找到了根本的症结后，从打击车匪路霸入手，坚持在违法人员处于萌芽阶段就及时发现、分化、帮教一批，处罚一批，打击一批，不让其蔓延发展。通过三年的努力，终于在1990年，五通桥区被评为全国社会治安综合治理的先进单位。
陈文清曾半开玩笑地对记者说：“我一直称自己是尾巴人，就是时时要夹着尾巴做人。因为我作为选调生，深受党组织的培养。大家都用挑剔的眼光看你，因此，各方面都要经受住考验。”
1994年，四川省国家安全厅成立，陈文清调任安全厅副厅长，分管情报、对外联络、行政装备、“两化”等工作，面对新课题和从未涉猎过的知识领域，陈文清从理论上掌握了情报工作的特点及规律，逐渐由外行变为内行。他还自学了领导学、管理学、经济学，并利用业馀时间，参加了四川大学工商管理研究生班学习，被四川大学聘为法学兼职教授。
1998年1月，陈文清升任四川省国家安全厅长。为了尽快抓住工作重点，实现全厅工作重点由组建、建设到抓业务的工作转移，他提出了“两手抓”战略，并亲自带队到各市地州搞调查研究，迅速协调了与其他部门的关系，调整、充实部分业务骨干到第一线。四川的安全工作很快走在了全国的前列，受到省委和国家安全部的充分肯定。
据北京政法系统消息人士透露，从1994年到2002年，陈文清在四川省国家安全厅的八年任职经历，正是他在下任国家安全部长候选人名单上排名第一的主要原因。
此外，陈文清还当了四年的四川省检察院检察长。在1998年被授予一级警监警衔后，又于2002年被授予二级大检察官；2006年后调任福建省委常委、省纪委书记。2012年11月，调任中纪委常务委员会委员、副书记，成为王岐山的助手之一。
他不是杨汝岱的女婿
当陈文清在四川政坛崛起时，坊间一度传出他是原四川省委书记杨汝岱的女婿。后来有知情网友披露，杨汝岱的女婿姓王，而陈文清的夫人则是乐山一个很普通的职员。
之所以传出陈文清是杨汝岱的女婿，是因为两人都是四川仁寿人。1926年出生的杨汝岱于1950年参加工作时，任四川省仁寿县富家区工作员，随后担任过县土改工作队副组长、组长、队长，两年后当上仁寿县方家区副区长、工委书记、区委副书记。