1972年日本外务省发表《关于尖阁列岛主权的基本见解》，声称：“该列岛向来构成我国领土西南诸岛的一部分，而根据明治二十八年五月生效的《马关条约》第二条，该列岛并不在清朝割让给我国的台湾、澎湖诸岛内。”这成为日本所谓拥有钓鱼岛主权的依据之一。然而，事实果真如此吗？
一、关于《马关条约》及其第二款
《马关条约》第二款第一项、第三项对同时让与的辽东半岛、澎湖列岛的地理范围有明确的界定，为什么仅对“台湾全岛及所有附属各岛屿”进行了模糊表述？从日方公开的有关《马关条约》交涉议事录的记载，我们可见日本政府在条约中模糊处理台湾附属岛屿的用心。
1895 年6月2日中日签署《交接台湾文据》前，关于台湾附属各岛屿包括哪些岛屿，成为双方讨论的焦点。当时日本公使水野弁理和清政府全权委员李经方之间讨论的纪要收录于日本公文书馆，并见于日本学者滨川今日子所著《尖閣諸島之領有論点》一文中。在会谈中，李经方担心日本在日后将散落于福州附近的岛屿也视为台湾附属岛屿而对中国提出岛屿主权要求，于是提出是否应该列出台湾所有附属岛屿的名录。水野回复说，如果将岛名逐一列举，难免会出现疏漏或涉及无名岛屿问题，如此一来该岛将不属于日、中任何一方，从而带来麻烦；有关台湾附属岛屿已有公认的海图及地图，而且在台湾和福建之间有澎湖列岛为“屏障”，日本政府决不会将福建省附近的岛屿视为台湾附属岛屿。鉴于日方的表态，李经方同意对台湾附属各岛屿不逐一列名的处理。
水野谈话表明，日本政府承认台湾附属岛屿已有公认的海图及地图，因而不需要在接管台湾的公文中列出钓鱼岛列屿，从这一点看，日本政府实际上承认钓鱼岛列屿是台湾附属岛屿，因为钓鱼岛列屿在公认的海图及地图上早已标明它属于中国；另一方面，这段对话还表明，日本政府会谈代表水野有意隐瞒另一个事实，即在《马关条约》签署前3个月，日本政府已召开内阁会议秘密将钓鱼岛编入了冲绳县。
1885年至1895年的10年间，冲绳地方政府一直图谋建立“国标”，从而将钓鱼岛纳入其管辖范围，但日本政府鉴于钓鱼岛为“清国属地”，一旦建立“国标”，恐引起清国警觉和争议，因此始终未予核准。当甲午战争日本即将获胜之际，日本政府感到攫取钓鱼岛列屿时机已到，于是在1895年1月14日召开内阁会议，秘密决定：钓鱼岛等岛屿“应按照该县知事呈报批准该岛归入冲绳县辖，准其修建界桩”。事实上，关于在钓鱼岛修建界桩，冲绳县并未立即执行。据井上清教授披露，直到1969年5月5日，冲绳县所属石垣市才在岛上建起一个长方形石制标桩。日本内阁会议的这一决定是密件，过了57年后，于1952年3月在《日本外交文书》第二十三卷对外公布，此前清政府以及国际上完全不知情。
既是如此，在很长时间内，日本政府并未公开宣称对钓鱼岛拥有主权。1896年3月日本发布名为《有关冲绳县郡编制》的第十三号敕令，明治天皇并没有将钓鱼岛明确写入。而第十三号敕令却被日方视为其拥有钓鱼岛主权的依据之一，显然是欺骗世人。
日本“窃占”钓鱼岛绝非什么“和平方式”，而是近代殖民侵略的产物，是甲午战争中日本战略的一环。正是基于侵华战争胜券在握，日本内阁才抢先窃据钓鱼岛，接着才有了不平等的《马关条约》；正是通过《马关条约》，日本力图以所谓条约形式，实现其对钓鱼岛“窃占”行为的“合法化”。这一历史过程是清楚无误的，是史家的共识。
二、钓鱼岛早就是中国台湾的附属岛屿
根据中国历史文献记载，“钓鱼岛是台湾附属岛屿”这一事实，是明确无误的。明朝嘉靖四十四年（1565）成书的《日本一鉴》，由“奉使宣谕日本国”的郑舜功撰写。该书明确记录了从澎湖列屿经钓鱼岛到琉球再到日本的航路，其中特别记录钓鱼岛为中国台湾所属：“钓鱼屿，小东小屿也。”小东岛是当时对台湾的称谓。上述航路，不仅准确记录了钓鱼岛与台湾岛等岛屿之间的地理关系，而且明白无误地指出钓鱼屿是台湾所属小岛。《日本一鉴》是具有官方文书性质的史籍，它反映出明朝政府早已确认钓鱼岛列屿是属于台湾的小岛群。
在明清两代，台湾属于福建省辖地。光绪十一年（1885），鉴于日本和西方列强对台湾的觊觎和侵略，台湾防务形势严峻，台湾在行政上以一府的地位难以应对，清政府决定在台湾建省。建省以前，钓鱼岛列屿作为台湾府所辖之岛屿纳入福建海防范围。
明嘉靖四十一年（1562）闽浙总督胡宗宪幕僚郑若曾著《筹海图编》，其中《沿海山沙图》中记录了台湾、钓鱼岛、黄尾屿、赤尾屿等岛屿属于福建海防范围。万历三十三年（1605）徐必达等人绘制的《乾坤一统海防全图》及天启元年（1621）茅元仪绘制的《武备志·海防二·福建沿海山沙图》，也将钓鱼岛等岛屿与台湾岛作为同一个防区划入中国海防范围之内。
清康熙六十一年（1722），黄叔璥任清政府第一任巡台御史，乾隆元年（1736）他“以御史巡视台湾”身份作《台海使槎录》（又名《赤嵌笔谈》），其卷二《武备》列举了台湾所属各港口，不仅将钓鱼岛视为中国海防前沿要塞，而且表明钓鱼岛在行政上早已属于台湾府管辖。
《台海使槎录》是公文文书，其影响甚广，此后史家多有引用，如乾隆年间的《台湾府志》，基本引用了上述内容：“台湾港口”包括“钓鱼台岛”。类似记载在其他官员的公文文书中也屡见不鲜，如乾隆十二年（1747），时任巡视台湾兼学政监察御史范咸著《重修台湾府志》明确指出，钓鱼岛等岛屿已划入台湾海防的防卫区域内，属于台湾府辖区。同治十年（1871）刊行《重纂福建通志》，其中《台湾府·噶玛兰厅》载：“北界三貂，东沿大海……又山后大洋北有钓鱼台，港深可泊大船千艘。”类似记载见于余文仪著《续修台湾府志》、李元春著《台湾志略》以及陈淑均纂、李祺生续辑《噶玛兰厅志》等史籍中。
此外，法国人蒋友仁1760年绘制了《坤舆全图》，其中《台湾附属岛屿东北诸岛与琉球诸岛》中有彭嘉、花瓶屿、钓鱼屿、赤尾屿等，把上述各岛屿均置于台湾附属岛屿中。日本人林子平1785年出版的《三国通览图说》所附《琉球三省及三十六岛之图》，图中绘有花瓶屿、澎佳山、钓鱼台、黄尾山、赤尾山，这些岛屿均涂上中国色，表明为中国所有。1809年法国人皮耶·拉比和亚历山大·拉比绘制了彩图《东中国海沿岸图》，图中将钓鱼屿、赤尾屿绘成与台湾岛相同的红色，将八重山、宫古群岛与冲绳本岛绘成绿色，清楚地标示出钓鱼台列屿为台湾附属岛屿。
综上所述，尽管日方力图割裂钓鱼岛与中国台湾的历史联系，并一再否认《马关条约》中的“台湾附属岛屿”包括钓鱼岛。但大量历史文献表明，中国政府将钓鱼岛纳入台湾辖下，从海防和行政两个方面都对钓鱼岛实施了长期的有效管辖，钓鱼岛不是无主地，而是中国台湾的附属岛屿。钓鱼岛列屿不仅有中国渔民长期经营，而且至少从明代中叶开始就纳入中国政府的海防范围，由中国政府采取了实际管辖措施。这一历史事实，比日本所称1895年1月内阁决定窃据早了三百几十年。
三、钓鱼岛与甲午战争及“冲绳处分”
日本内阁秘密将钓鱼岛列屿划入冲绳县管辖，与甲午战争有关，也与日本的“冲绳处分”有关。冲绳本是琉球王国所在地。琉球王国是一个独立的国家，明初即接受明朝皇帝册封，是明清时期中国的藩属国。明洪武五年（1372），明朝派出册封使到琉球，此后历代册封使不绝于途。日本幕府末期，日本与琉球相邻的岛津藩主强迫琉球向自己进贡，但琉球王国照旧向清政府纳贡称臣。明治维新后废藩置县，明治政府开始显现军国主义倾向，矛头指向朝鲜、琉球和中国。此后，日本利用各种借口侵略琉球、朝鲜和中国的事件时有发生。1872年日本利用琉球漂流民在台湾南部被所在地居民杀害一事，向清政府问罪。口实有二：琉球民是日本属民，台湾南部“番地”是无主地。日本派出的交涉使把清政府总理衙门大臣说的台湾番地是“政教不及之所”，偷换概念，变成“政权不及之地”。1874年日本蛮悍地派兵侵入台南，引起中日之间严重交涉。那时候，日本国力尚不能与清朝抗衡，在取得清朝50万两白银赔款后退兵。征伐台湾与侵略琉球是同时进行的。 1874年2月日本政府通过的《台湾番地处分要略》提出，阻止琉球向清政府进贡“可列为征伐台湾以后之任务”。1875年，日本天皇强令琉球断绝与清朝的册封关系。1877年底，清政府驻日公使何如璋在东京考察了琉球问题后指出：“阻贡不已，必灭琉球；琉球既灭，行及朝鲜。”“台澎之间，将求一日之安不可得。”1878年10月，何如璋向日本外务省发出照会，谴责日本阻止琉球向清朝朝贡为“背邻交，欺弱国”，是“不信不义无情无理”。1879年，日本政府以武力派往不设军队的琉球，将琉球国王强行解到东京，吞并琉球王国，将它改名为冲绳县。这在日本历史上美其名曰“琉球处分”。
日本此举立即引起了清政府的抗议。中日之间由此展开了琉球交涉。日本提出了“分岛改约”方案，即把宫古、八重山群岛划归中国，琉球本岛以北诸岛归日本，试图诱使清政府承认日本吞并琉球，但必须以修改中日《修好条规》为前提。《修好条规》是1871年中日之间缔结的建交条约，是一项平等条约。所谓修改条约，即是清政府允许在《修好条规》中加入日本人在华“一如西人”，享有与欧洲人在华通商“一体均沾”的权利。清政府提出了三分琉球的方案，即北部原岛津藩属地诸岛划归日本，琉球本岛为主的群岛还给琉球，并恢复琉球国王王位，南部宫古、八重山群岛划归中国，待琉球复国后送给琉球。1880年，清政府正在处理在伊犁问题上与俄国发生的纠纷，准备对日退让，便与日本议定了分岛改约方案。中方随后认识到分岛改约方案无助于琉球复国，改约徒使中国丧失权利，分岛改约方案未及签字。 1882年—1883年间，中日就此问题的谈判仍在进行。在讨论重新签订中日《修好条规》时，清政府再提琉球问题，日本外相表示把修改贸易条款与琉球问题分开，清政府谈判代表反对。问题一直拖下来。直到1887年，总理衙门大臣曾纪泽还向日本驻华公使盐田三郎提出，琉球问题尚未了结。但日本已经把琉球据为己有，对清政府的态度就不管不顾了。琉球处分问题在中日之间成为一个悬案。
就是在这种背景下，出现了1885年—1895年之间日本政府（包括琉球政府）商讨在钓鱼岛设置“国标”以及把钓鱼岛列屿划归冲绳县的问题。在钓鱼岛设置“国标”以及把钓鱼岛列屿划归冲绳县是与日本完成攫夺琉球并进而指向台湾联系在一起的。
《马关条约》签订，清政府没有能力重提琉球，台湾以及附属诸岛（包括钓鱼岛列屿）、澎湖列岛、琉球就被日本夺走了。但是，1941年中国政府对日宣战，废除《马关条约》。随后《开罗宣言》、《波茨坦公告》做出了战后处置日本的规定，日本天皇接受了这些规定。依照这些规定，不仅台湾及其附属诸岛（包括钓鱼岛列屿）、澎湖列岛要回归中国，历史上悬而未决的琉球问题也到了可以再议的时候。
